ความหลากหลายทางอนุกรมวิธานและกิจกรรมเอนไซม์เซลลูเลส ของจุลินทรีย์จากเมตาจีโนมในระบบนิเวศป่าชายเลน

สุดารัตน์ สวนจิตร; อภิรดี ปิลันธนภาคย์

dc.contributor.author	สุดารัตน์ สวนจิตร
dc.contributor.author	อภิรดี ปิลันธนภาคย์
dc.contributor.other	มหาวิทยาลัยบูรพา. คณะวิทยาศาสตร์	th
dc.date.accessioned	2023-08-17T10:58:32Z
dc.date.available	2023-08-17T10:58:32Z
dc.date.issued	2557
dc.identifier.uri	https://buuir.buu.ac.th/xmlui/handle/1234567890/9295
dc.description	ทุนอุดหนุนการวิจัยประมาณ 2557 โครงการส่งเสริมการวิจัยในอุดมศึกษาและพัฒนามหาวิทยาลัยวิจัยแห่งชาติ สำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา	th_TH
dc.description.abstract	การวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาความหลากหลายของจุลินทรีย์และยีนนำรหัสเอนไซม์ เซลลูเลสจากเมตาจีโนมของตะกอนดินในระบบนิเวศป่าชายเลน ซึ่งอยู่ในพื้นที่อำเภอเมืองชลบุรี จังหวัดชลบุรี ในการศึกษาความหลากหลายของจุลินทรีย์ทำโดยนำตะกอนดินป่าชายเลนมาสกัด เมตาจีโนมิกดีเอ็นเอ จากนั้นนำมาใช้เป็นแม่แบบสำหรับเพิ่มปริมาณยีน rRNA ของแบคทีเรียทั่วไปและแอคติโนแบคทีเรีย ยีสต์ราและทรอสโทคิทริดส์ โดยใช้ปฏิกิริยาพีซีอาร์ นำผลิตภัณฑ์พีซีอาร์ที่ได้ไปโคลนเพื่อสร้างห้องสมุดยีน rRNA และคัดเลือกโคลนเพื่อนำไปอ่านลำดับนิวคลีโอไทด์ วิเคราะห์ความคล้ายคลึงของข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์เปรียบเทียบกับฐานข้อมูล GenBank บน NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) หรือ EzTaxon (http://www.ezbiocloud.net/eztaxon) ผลการศึกษาพบแบคทีเรียในไฟลัม Actinobacteria มากที่สุด (50.3%) รองลงมาคือไฟลัม Firmicutes (45.6%) และไฟลัม Proteobacteria (4%) แบคทีเรียในไฟลัม Actinobacteria พบจีนัส Streptomyces มากที่สุด (66.7%) ในขณะที่แบคทีเรียในไฟลัม Firmicutes พบจีนัส Bacillus บ่อยที่สุด สำหรับจุลินทรีย์กลุ่มยีสต์รา พบสมาชิกในจีนัส Aspergillus มากที่สุด (28.8%) รองลงมาคือ Trichoderma spp. (17.3%) และจุลินทรีย์กลุ่มทรอสโทคิทริดส์ พบสมาชิกในจีนัส Aurantiochytrium มากที่สุด (48.1%) ในอีกทางหนึ่งได้มีการใช้เทคนิคพีซีอาร์เพิ่มปริมาณ ยีนนำรหัสเอนไซม์เซลลูเลสจากเมตาจีโนม โคลนและวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ ซึ่งพบว่าดีเอ็นเอ ที่โคลนได้จำนวน 2 โคลน มีข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์ที่แสดงความคล้ายคลึงกับข้อมูลของยีนนำรหัสเอนไซม์ Endo-1,4-β-glucanase และ β-glucosidase ของแบคทีเรียในจีนัส Bacillus และ Streptomyces ตามลำดับ นอกจากนี้ในงานวิจัยนี้ยังสามารถคัดแยกแบคทีเรียและแอคทิโนมัยซีส ที่มีความสามารถในการผลิตเอนไซม์เซลลูเลสจากตะกอนดินในพื้นที่ป่าชายเลนที่ศึกษาได้จำนวน 4 สายพันธุ์ ซึ่งจำแนกโดยอาศัยข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีนเครื่องหมาย 16S rRNA ได้เป็น Pseudomonas balearica, Bacillus sp., Microbacterium paraoxydans และ Streptomyces levis จากผลการศึกษาแสดงให้เห็นว่าระบบนิเวศป่าชายเลนเป็นเป็นแหล่งรวมจุลินทรีย์ที่หลากหลาย โดยสิ่งที่น่าสนใจคือบทบาทของจุลินทรีย์ที่อาศัยอยู่ในระบบนิเวศนี้ โดยเฉพาะในด้านการผลิตสารชีวภาพที่มีความสำคัญทางด้านเทคโนโลยีชีวภาพ เช่น เอนไซม์เซลลูเลส ซึ่งหากมีการศึกษาในรายละเอียดให้มากขึ้น อาจนำไปสู่การค้นพบจุลินทรีย์แทกซอนใหม่และสารชีวภาพที่มีคุณค่า รวมถึงความเป็นไปได้ของการประยุกต์ใช้ทรัพยากรจุลินทรีย์และสารชีวภาพจากป่าชายเลน ในอนาคต	th_TH
dc.description.sponsorship	สำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา	th_TH
dc.language.iso	th	th_TH
dc.publisher	คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยบูรพา	th_TH
dc.subject	เอ็นไซม์	th_TH
dc.subject	จุลินทรีย์	th_TH
dc.title	ความหลากหลายทางอนุกรมวิธานและกิจกรรมเอนไซม์เซลลูเลส ของจุลินทรีย์จากเมตาจีโนมในระบบนิเวศป่าชายเลน	th_TH
dc.title.alternative	Taxonomic Diversity and Cellulolytic Activities of Microorganisms from Mangrove-derived Metagenomes	en
dc.type	Research	th_TH
dc.author.email	sudarat@buu.ac.th	th_TH
dc.author.email	apiradee@buu.ac.th	th_TH
dc.year	2557	th_TH
dc.description.abstractalternative	This research was conducted to explore microbial diversity in mangrove ecosystem located in Chon Buri province. Mangrove sediment was collected and used as a source of metagenomic DNA. The rRNA gene library was constructed for a respective group of microorganisms, i.e. bacteria, actinobacteria, fungi and thraustochytrids. Recombinant clones were screened and sequenced. Similarity searching of nucleotide sequences was carried out in the database of GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) and EzTaxon (http://www.ezbiocloud.net/eztaxon). Bacterial distribution was found in three phyla by which Actinobacteria was the most dominant (50.3 %) followed by Firmicutes (45.6 %) and Proteobacteria (4 %%). The representative genera of Actinobacteria and Firmicutes were Streptomyces and Bacillus respectively. In the fungal point of view, the genus Aspergillus was the most abundant and diversified. Thraustochytrid, another group of microbes frequently found in marine ecosystem, was also revealed in the study site. Members of Aurantiochytrium were the predominance. Two cellulase encoding genes amplified from metagenome were cloned and sequenced. The analyses of sequence identity revealed that they resemble those proposed for endo-1,4-β-glucanase and β-glucosidase gene of Bacillus and Streptomyces, respectively. Four strains of cellulase-producing bacteria and actinobacteria were successfully isolated from the same ecological niche and their 16S rRNA gene-based identities are Pseudomonas balearica, Bacillus sp., Microbacterium paraoxydans, and Streptomyces levis. Overall results taken from this investigation reflects the fact that mangrove ecosystem is a crucial reservoir of diverse microorganisms capable of producing biotechnological important enzymes including cellulases. In depth investigation would fulfill knowledge that could benefit not only the discovery of novel microbial taxonomic positions and valuable biological compounds but also their future applications.	en