ขั้นตอนทางชีวสารสนเทศสำหรับการค้นหาเครือข่ายที่ตอบสนองต่อการอักเสบในเซลล์แมคโครฟาจหนู

พิทักษ์ สูตรอนันต์

dc.contributor.author	พิทักษ์ สูตรอนันต์
dc.contributor.other	มหาวิทยาลัยบูรพา. คณะวิทยาศาสตร์
dc.date.accessioned	2020-04-21T12:41:02Z
dc.date.available	2020-04-21T12:41:02Z
dc.date.issued	2562
dc.identifier.uri	http://dspace.lib.buu.ac.th/xmlui/handle/1234567890/3895
dc.description.abstract	การอักเสบเป็นสิ่งสำคัญในการซ่อมแซมเนื้อเยื่อและเป็นส่วนสำคัญในการกระตุ้นการแสดงออกของยีน การศึกษาข้อมูลการแสดงออกของยีนหลายหมื่นยีนพร้อมกันภายใต้สภาวะที่สนใจโดยใช้เทคโนโลยีไมโครอาร์เรย์ เป็นสิ่งสำคัญสำหรับการทำความเข้าใจกลไกทางชีวเคมีของการอักเสบ ในปัจจุบันฐานข้อมูลและเครื่องมือต่าง ๆ ในด้านชีวสารสนเทศนั้นมีมากมายสำหรับการนำไปใช้เพื่ออธิบายกลไกการตอบสนองต่อการอักเสบ ในงานวิจัยนี้ทำการศึกษาข้อมูลไมโครอาร์เรย์ของการตอบสนองการอักเสบในเซลล์แมโครฟาจ RAW 264.7 ที่ถูกกระตุ้นด้วย LPS โดยอาศัยการวิเคราะห์ด้วยเครือข่ายที่แตกต่างกันสามเครือข่าย ได้แก่ เครือข่ายการควบคุมการแสดงออกของยีน เครือข่ายการแสดงออกร่วมของยีน และเครือข่ายปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีน โดยทำการตรวจสอบที่ 4 ช่วงระยะเวลาของการตอบสนองการอักเสบซึ่งจะทำการคัดเลือกเครือข่ายย่อยและแปลผลทางชีวภาพ โดยกระบวนการของวิถีพาธเวย์ NF-B มีการแสดงออกในช่วงเวลา 3 และ 6 ชั่วโมง เมื่อเวลา 8 และ 18 ชั่วโมงวิถีการตอบสนองการอักเสบหลากหลายวิถีเกิดขึ้น จากกระบวนการวิเคราะห์เครือข่ายข้างต้น จะทำการคัดเลือกเครือข่ายย่อยเพื่อนามาใช้เป็นต้นแบบเพื่อช่วยในการตัดสินใจและอธิบายกลไกการต้านการอักเสบของสารออกฤทธิ์จากพืชสมุนไพรสำหรับการตรวจสอบผลการตรวจทางห้องปฏิบัติการต่อไป	th_TH
dc.description.sponsorship	ได้รับเงินอุดหนุนการวิจัยงบประมาณเงินรายได้จากเงินอุดหนุนรัฐบาล (งบประมาณแผ่นดิน) ประจำปีงบประมาณ พ.ศ. 2560	th_TH
dc.language.iso	th	th_TH
dc.publisher	คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยบูรพา	th_TH
dc.subject	ชีวสารสนเทศศาสตร์	th_TH
dc.subject	พืชสมุนไพรไทย	th_TH
dc.subject	สาขาวิทยาศาสตร์เคมีและเภสัช	th_TH
dc.title	ขั้นตอนทางชีวสารสนเทศสำหรับการค้นหาเครือข่ายที่ตอบสนองต่อการอักเสบในเซลล์แมคโครฟาจหนู	th_TH
dc.title.alternative	Bioinformatics workflow to inflammatory responsive network discovery in murine macrophage	en
dc.type	Research	th_TH
dc.author.email	pitak@buu.ac.th	th_TH
dc.year	2562	th_TH
dc.description.abstractalternative	Inflammation is important in tissue repair and is an important part in stimulating gene expression. Study of gene expression data for tens of thousands of genes simultaneously under favorable conditions using microarray technology is important for better systematic understanding biochemical mechanism of inflammation. At present, databases and tools in bioinformatics approach are abundant for applying to explain the mechanism of inflammatory response. In this study, inflammatory response from microarray data in LPSstimulated RAW264.7 macrophage was analyzed with three difference networks such as gene regulatory network, co-expression network and protein-protein interaction network. Inflammatory modules of 4 time points of LPS-stimulated macrophage microarray data were selected and interpreted their biological function. The process of the NF-KB pathway was differentially expressed at 3 and 6 hours. At 8 and 18 hours, all of the major pathways of inflammatory response were occurred. From the above process, the selected subnetwork can be used as a prototype model to help make decisions and explain the antiinflammatory mechanisms of the active ingredient from medicinal plants that are important in the future for further examination of laboratory results.	en