การวิเคราะห์การแสดงออกของยีนจากข้อมูลไมโครอาร์เรย์ของเซลล์แมคโครฟาจ RAW 264.7 ที่ถูกกระตุ้นด้วยไลโพพอลิแซกคาไรด์

Abstract

ดีเอ็นเอไมโครอาร์เรย์เป็นเทคนิคที่ใช้ในการศึกษาการแสดงออกของยีนจำนวนหลายหมื่นยีนในเวลาเดียวกัน ซึ่ งจะมีเพียงกลุ่มยีนจำนวนหนึ่งที่มีการแสดงออกแตกต่างกันอย่างเด่นชัดเจนภายใต้สภาวะหนึ่งขั้นตอนการคัดเลือกยีนจึงมีความสำคัญในการวิเคราะห์ข้อมูลไมโครอาร์เรย์สำหรับการค้นหากลุ่มยีนที่สำคัญในการศึกษานี้ได้ทำการวิเคราะห์ข้อมูลที่ได้จากดีเอ็นเอไมโครอาร์เรย์เพื่อคัดเลือกยีนที่ตอบสนองการอักเสบ จากการใช้ชุดข้อมูลไมโครอาร์เรย์ที่ได้จากฐานข้อมูลสาธารณะเมื่อมีการกระตุ้นเซลลล์แมคโครฟาจ RAW264.7 ด้วย LPS การคัดเลือกกลุ่มยีนจะอาศัยการบูรณาการหลากหลายวิธีการอันประกอบไปด้วย การคัดเลือกยีนด้วยวิธี Feature selection การสืบค้นยีนที่เกี่ยวข้องกับการอักเสบจากฐานข้อมูลเอกสาร การสร้างเครือข่ายการแสดงออกร่วมของยีน การวิเคราะห์แบบแผนการแสดงออกของยีน การบูรณาการร่วมกับเครือข่ายปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีน และการยืนยันผลการคัดเลือกยีนด้วยเทคนิค Real time PCR จากผลการทดลองพบว่า ยีน SOCS3 เป็นยีนที่มีบทบาทสำคัญต่อการควบคุมการตอบสนองเชิงลบในการส่งสัญญาณของไซโตไคน์ซึ่งมีส่วนช่วยในการป้องกันไม่ให้เกิดความผิดปกติของระบบภูมิคุ้มกันและการอักเสบ ดังนั้นการวิเคราะห์ข้อมูลไมโครอาร์เรย์ของการแสดงออกของยีนช่วยให้เข้าใจกลไกการตอบสนองต่อการอักเสบ และอาจจะทำให้เกิดการค้นพบยีนเป้าหมายที่เป็นสาเหตุของการอักเสบและสามารถนำไปประยุกต์ใช้ในการป้องกันและการรักษาโรคที่เกี่ยวข้องกับการอักเสบต่อไป