การวิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรมของม้าน้ำในประเทศไทย โดยใช้ RFLP

Abstract

Abstract: การศึกษาความหลากหลายทางพันธุกรรมของม้าน้ำที่พบในประเทศไทย ทำการศึกษาในม้าน้ำ 3 ชนิดคือ Hippocampus spinosissimus, H. kuda และ H. trimaculatus โดยเตรียมดีเอ็นเอทั้งหมดของเซลล์จากเลือดของม้าน้ำด้วยวิธีการเก็บตัวอย่างเลือดไว้ในบัฟเฟอร์ TNES-Urea (10 mM Tris-HCI, pH7.5;125 mM NaCI; 10 mM EDTA; 1% SDS; Urea 4 M) สามารถเตรียมดีเอ็นเอได้ประมาณ 2 - 5 ไมโครกรัมต่อเลือด 1 ไมโครลิตร ลักษณะของดีเอ็นเอมีความเป็นโมเลกุลที่ค่อนข้างสมบูรณ์ มีขนาดมากกว่า 23.1 กิโลเบส เมื่อวิเคราะห์รูปแบบดีเอ็นเอที่จำเพาะต่อชนิดของม้าน้ำในบริเวณยีน 18S rRNA พบว่า H. spinosissimus มีแถบดีเอ็นเอเข้ม 2 แถบ ขนาดประมาณ 900 และ650 คู่เบส H. kuda มีแถบดีเอ็นเอเข้ม 1 แถบ ขนาดประมาณ 900 คู่เบส และ H. trimaculatus มีแถบดีเอ็นเอเข้ม 1 แถบ และจาง 32 แถบ ขนาดประมาณ 900 คู่เบส และต่ำว่า 500 คู่เบส ตามลำดับ การศึกษาความหลากหลายทางพันธุกรรมภายในชนิดของม้าน้ำ H. spinosissimus ทำโดยวิเคราะห์วิเคราะห์ชิ้นส่วนของโมโตคอนเดรียลดีเอ็นเอที่เพิ่มจำนวนด้วยเทคนิค PCR ตั้งแต่บริเวณยีน cytochrome b จนถึง 12S rRNA ของม้าน้ำจาก จ.ชลบุรี , จ.ระยอง และ จ.ตราด โดยย่อยชิ้นส่วนดีเอ็นเอดังกล่าวด้วยเรสทริกชันเอนไซม์ EcoRI, HindIII, KpnI, HaeIII, HhaI, MspI และ TaqI เมื่อใช้ TaqI พบความแตกต่างทางพันธุกรรมในม้าน้ำจาก จ.ระยอง ซึ่งเกิดขึ้นภายในแหล่งเดียวกันและต่างจากแหล่งอื่นด้วย ส่วนการศึกษาความหลากหลายทางพันธุกรรมของม้าน้ำ H. kuda ทำการศึกษาม้าน้ำจาก จ.ชลบุรี และ จ.ตราด โดยวิเคราะห์ในบริเวณยีน ATPase ของไมโตคอนเดรียลดีเอ็นเอและทดสอบเช่นเดียวกับม้าน้ำ H. spinosissimus แต่ไม่พบความแตกต่างทางพันธุกรรมภายในชนิดของม้าน้ำ H. kuda Abstract: Three species of seahorse, Hippocampus spinosissimus, H. kuda and H. trimaculatus were studied on their genetic diversity. Total DNA was prepared from whole blood preserved in TNES-Urea buffer (10 mM Tris-HCI, pH7.5;125 mM NaCI; 10 mM EDTA; 1% SDS; Urea 4 M). DNA yield was about 2 - 5 ug DNA/ul blood with high molecular weight and more than 23.1 kb. In length. The specific DNA pattern of each species was performed on PCR amplified DNA fragment of 18S rRNA gene. The results showed that H. spinosissmus has two intent bands approximately 900 and 650 bp. H. kuda has only one intent band approximately 900 bp. and H. trimaculatus has one intent band and three light bands approximately 900 and less than 500 bp. Respectively. Genetic diversity within species of H. spinosissimus from Chonburi, Rayong, and Trad was investigated in PCR amplified mtDNA fragment from cytochrome b gene to 12S rRNA. After digestion those DNA fragments with EcoRI, HindIII, KpnI, HaeIII, HhaI, MspI and TaqI, DNA pattern of Rayong samples digested with TaqI was not only distinct from other samples but also differed from those in the same locality. While genetic diversity within species of H. kuda from Chonburi and Trad investigated on ATPase gene of PCR amplified mtDNA fragment. After digestion those DNA fragments with EcoRI, HindIII, KpnI, HaeIII, HhaI, MspI and TaqI, different DNA pattern of all samples was not found. This result indicated that genetic variation within species of H.kuda could not be detected.