เครือข่ายควบคุมการแสดงออกของยีนที่เกี่ยวข้องกับการตอบสนองการอักเสบ จากข้อมูลไมโครอาร์เรย์

Abstract

การอักเสบเป็นกระบวนการที่ร่างกายตอบสนองต่อสิ่งกระตุ้นภายนอกทําให้เกิดโรคในสิ่งมีชีวิต การศึกษากระบวนการควบคุมการแสดงออกของยีนที่เกี่ยวข้องกับการอักเสบ จะช่วยทําให้เราสามารถเข้าใจกลไกที่เกี่ยวข้องได้ดียิ่งขึ้น การศึกษานี้ผู้วิจัยได้นําข้อมูลไมโครอาร์เรย์ที่เกี่ยวข้องกับการตอบสนองการอักเสบของเซลล์แมคโครฟาจหนู RAW 264.7 ที่ถูกเหนี่ยวนําด้วย LPS จากฐานข้อมูลสาธารณะไปตรวจหากลุ่มยีนและทรานสคริปชันแฟคเตอร์ที่เกี่ยวข้องกับการตอบสนองการอักเสบ โดยอาศัยการสร้างเครือข่ายการควบคุมการแสดงออกของยีนและการคัดกรองข้อมูลที่เกี่ยวข้องโดยการสืบค้นวารสารวิจัย ผลที่ได้ คือเครือข่ายที่มียีนจํานวน 5 ยีน คือ MEF2A, NFKB1, NFKB2, NFATC1 และ NFATC3 ที่สร้างทรานสคริปชันแฟคเตอร์ MEF2, NF-B และ NFAT ซึ่งควบคุมยีนเป้าหมายที่เกี่ยวข้องกับการตอบสนองการอักเสบจํานวน 64 ยีน ซึ่งมีการแสดงออกมากกว่า 1.4 เท่า และพบ 6 ยีนที่เป้นยีนตอบสนองการอักเสบ ซึ่งถูกควบคุมด้วยกลุ่มของทรานสคริปชันแฟคเตอร์ที่แตกต่างกัน ไปตามแต่ละช่วงของเวลา โดยมีทรานสคริปชันแฟคเตอร์ MEF2 ศูนย์กลางการควบคุมที่สําคัญของการแสดงออกของยีนตอบสนองการอักเสบ 4 ชนิด ในช่วงเวลา 3 และ 6 ชั่วโมง การศึกษานี้แสดงให้เห็นว่าเราสามารถนําข้อมูลไมโครอาร์เรย์มาใช้เพื่อตรวจสอบกลไกการควบคุมการแสดงออกของยีนที่เกี่ยวข้อง ซึ่งจะทําให้เราสามารถเรียนรู้และทำความเข้าใจกลไกการอักเสบในระดับโมเลกุลได้ดียิ่งขึ้น