การทำนายกลไกการอักเสบด้วยการวิเคราะห์เครือข่ายโดยเทคนิคทางชีวสารสนเทศ

ฐิติรัตน์ นุชศิลา

dc.contributor.advisor	กล่าวขวัญ ศรีสุข
dc.contributor.advisor	พิทักษ์ สูตรอนันต์
dc.contributor.author	ฐิติรัตน์ นุชศิลา
dc.contributor.other	มหาวิทยาลัยบูรพา. คณะวิทยาศาสตร์
dc.date.accessioned	2023-06-06T04:25:45Z
dc.date.available	2023-06-06T04:25:45Z
dc.date.issued	2563
dc.identifier.uri	https://buuir.buu.ac.th/xmlui/handle/1234567890/8854
dc.description	วืทยานิพนธ์ (วท.ม.)--มหาวิทยาลัยบูรพา, 2563
dc.description.abstract	การอักเสบมีบาทสำคัญในการซ่อมแซมเนื้อเยื่อและเป็นส่วนสำคัญในการกระตุ้นการแสดงออกของยีน การศึกษาข้อมูลการแสดงออกของยีนหลายหมื่นยีนพร้อมกันภายใต้สภาวะที่สนใจสามารถใช้เทคโนโลยีไมโครอาเรย์ในการตรวจสอบ ปัจจุบันโปรแกรมและฐานข้อมูลทางชีวสารสนเทศถูกพัฒนาเป็นจำนวนมากเพื่อนำมาใช้ในการวิเคราะห์ข้อมูลไมโครอาร์เรย์ที่มีปริมาณเพิ่มมากขึ้น ในการศึกษานี้จะทำการค้นหากระบวนการชีวสารสนเทศเพื่อการตรวจสอบกลไกการตอบสนองการอักเสบ โดยอาศัยการวิเคราะห์เครือข่ายการแสดงออกของยีนของข้อมูลไมโครอาร์เรย์จากเซลล์แมคโครฟาจ RAW264.7 ที่ถูกกระตุ้นด้วย LPS ที่ได้จากฐานข้อมูลสาธารณะ ขั้นตอนของการวิเคราะห์ประกอบไปด้วยการคัดเลือกฟีเจอร์ การค้นหารายชื่อยีนการอักเสบ วิเคราะห์ร่วมกับเครือข่ายการควบคุมการแสดงออกของยีน เครือข่ายการแสดงออกร่วมของยีน เครือข่ายปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีน และการแปลผลทางชีวภาพ พบว่าในช่วงเวลาที่ 3 และ 6 ชั่วโมง กลุ่มยีนการอักเสบที่พบในช่วงเวลานี้เป็นยีนที่มีการตอบสนองช่วงแรกของกลไกการอักเสบ ได้แก่ ยีนของโปรตีน CD14 และ TLR4 ซึ่งเป็นโปรตีนตัวรับสัญญาณที่อยู่บริเวณผิวเซลล์และที่เวลา 8 และ 18 ชั่วโมงพบยีนการอักเสบที่มีการเชื่อมโยงหลายกระบวนการ เช่น NF-κB pathway, MAPK signaling pathway, JACK-STAT signaling pathway รวมถึงวิถีกลไกการเกิดโรคมะเร็งและเป็นช่วงที่มีการรักษาบาดแผล โดยการกระตุ้นการสร้างและเกาะกลุ่มของเกล็ดเลือด ซึ่งนำไปสู่การประยุกต์กับการศึกษาฤทธิ์ต้านการอักเสบของสารออกฤทธิ์ ดังนั้น การวิเคราะห์เครือข่ายการแสดงออกของยีนจากข้อมูลไมโครอาร์เรย์ที่เหมาะสมจะช่วยให้เข้าใจกลไกการตอบสนองต่อการอักเสบมีประสิทธิภาพมากยิ่งขึ้น
dc.language.iso	th
dc.publisher	คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยบูรพา
dc.rights	มหาวิทยาลัยบูรพา
dc.subject	การอักเสบ
dc.subject	ยีนบำบัด
dc.subject	มหาวิทยาลัยบูรพา -- สาขาวิชาวิทยาศาสตร์ชีวภาพ
dc.title	การทำนายกลไกการอักเสบด้วยการวิเคราะห์เครือข่ายโดยเทคนิคทางชีวสารสนเทศ
dc.title.alternative	Prediction of inflmmtory mechnism with network nlysis by bioinformtics technique
dc.type	วิทยานิพนธ์/ Thesis
dc.description.abstractalternative	Inflammation is important in tissue repair and is an important part in stimulating gene expression. Study of gene expression data for tens of thousands of genes simultaneously under favorable conditions used microarray technology. A vast amount of tools an databases incurrently, bioinformatics and programs have been developed for analyzing an increase number of microarray data. The objective of this study is to search for bioinformatics process for detection of inflammatory response mechanisms by gene expression network analysis of the LPS-stimulated RAW264.7 macrophage cells from public databases. This process consists of feature selection, searching for inflammation genes analyzed together with the gene regulatory network; gene coexpression network; protein-protein interaction network; and interpretation of biological. At 3 and 6 hours, the inflammatory genes found during this period were genes that responded to the initial stages of inflammatory mechanisms such as gene encoded for protein CD14 and TLR4, which are receptor proteins located on the cell surface. For 8 and 18 hours, an inflammatory genes with multiple processes were found such as the NF-κB pathway, MAPK signaling pathway, JACKSTAT signaling pathway, including cancer pathway mechanisms, which are periods for wound healing by stimulating platelet formation and platelet clotting. This led to the application of the anti-inflammatory effect of the active ingredient. Therefore, the analysis of gene expression networks from appropriate microarray data can help to understand the mechanism of inflammatory response that is more effective.
dc.degree.level	ปริญญาโท
dc.degree.discipline	วิทยาศาสตร์ชีวภาพ
dc.degree.name	วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต
dc.degree.grantor	มหาวิทยาลัยบูรพา