| dc.contributor.author |
ญาณิศา ละอองอุทัย |
|
| dc.contributor.other |
มหาวิทยาลัยบูรพา. คณะวิศวกรรมศาสตร์ |
|
| dc.date.accessioned |
2019-03-25T09:01:18Z |
|
| dc.date.available |
2019-03-25T09:01:18Z |
|
| dc.date.issued |
2554 |
|
| dc.identifier.uri |
http://dspace.lib.buu.ac.th/xmlui/handle/1234567890/1135 |
|
| dc.description.abstract |
การศึกษายีนที่เกี่ยวข้องกับการเจริญของกล้ามเนื้อกุ้งตระกูล Penaeus ซึ่งเป็นกุ้งทะเล โดยเลือกศึกษายีนจากกล้ามเนื้อลำตัวของกุ้งขาว Litopenaeus vannamei ผลจากการวิเคราะห์ลำดับดีเอ็นเอ พบยีนขนาด 378
นิวคลีโอไทด์ จากนั้นนำลำดับดีเอ็นเอที่ได้มาวิเคราะห์ถึงความสำคัญและหน้าที่โดยเทคนิคทางชีวะสารสนเทศ (Bioinformatic) โดยทำการศึกษาความเหมือนของดีเอ็นเอที่สนใจด้วยโปรแกรม BLAST พบว่ายีนที่สนใจมีความเหมือนกับยีน Profilin และเมื่อนำไปถอดรหัสลำดับนิวคลีโอไทด์ (Nucleotide Squence) โดยโปรแกรม DNA to Protein translation พบว่าสามารถถอดรหัสออกมาเป็นโปรตีนที่มีความยาว 125 กรดอะมิโน จากนั้นเปรียบเทียบความเหมือนของลำดับดีเอ็นเอและโปรตีน โดยโปรแกรม CLUSTAL W กับยีนและโปรตีน Profilin จากกุ้งขาวจีน (Fenneropenaeus chinensis), กุ้งกุลาดำ (Penaeus monodon), แมลงวัน Tsetse (Glossina morsitans morsitans), มอดแป้ง (Triolium castaneum) และเห็บปลาทะเล (Caligus rogercresseyi) พบความเหมือนของลำดับดีเอ็นเอ คิดเป็น 85%, 83%, 21%, 42% และ 14% และความเหมือนของลำดับโปรตีน คิดเป็น 78%, 75%, 41%, 38%, และ 41% ตามลำดับ จากนั้นศึกษาตำแหน่งการปรับแต่งโปรตีน (Post-translational modification) ด้วยโปรแกรม Peptidemass พบกระบวนการตกแต่งโปรตีน Profilin 3 แบบคือ Acetylation, ADP-ribosylation และ Phosphorylation จากนั้นศึกษาโครงสร้างแบบ 3 มิติ (3 Dimensional) โดยโปรแกรม QuickPhyre พบว่ามีโครงสร้าง 3 มิติของโปรตีน Profilin เป็นเกลียวแอลฟา (α-helix) 7 ตำแหน่ง, เป็นแผ่นพลีทบีต้า (β-pleated sheet) 3 ตำแหน่ง และเป็นเส้น (Coil) 11 ตำแหน่ง และนำลำดับโปรตีน Profilin มาศึกษาการจับกันของโปรตีนจากฐานข้อมูล (Data base) โดยโปรแกรม STRING พบว่าโปรตีน Profilin สามารถจับกับโปรตีน Actin โดยคาดว่าน่าจะมีหน้าที่เกี่นวข้องกับกระบวนการเจริญของกล้ามเนื้อ นอกจากนี้ยังพบว่าโปรตีน Profilin สามารถจับกับโปรตีน Trs, Ras-relates, Elongation factor l beta, Cappuccino และ Abl, Tyrosine-protein kinase อีกด้วย จากนั้นทำการตัดยีน Profilin และพลาสมิด pGEX-4T-1 ด้วยเอนไซม์ตัดจำเพาะ BamHI และ Xhol พบยีน Profilin กับพลาสมิด pGEX-4T-1 ที่ได้ที่ด้วยเอนไซม์ Ligase แล้วทำการย้ายดีเอ็นเอลูกผสมดังกล่าวเข้าสู่เซลล์ E.coli BL21 แต่ไม่พบการเจริญของเซลล์ลูกผสม |
th_TH |
| dc.description.sponsorship |
สนับสนุนโดยทุนอุดหนุนการวิจัยและพัฒนา คณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยบูรพา |
en |
| dc.language.iso |
th |
th_TH |
| dc.publisher |
คณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยบูรพา |
th_TH |
| dc.subject |
กุ้ง - - การเจริญเติบโต |
th_TH |
| dc.subject |
สาขาวิศวกรรมศาสตร์และอุตสาหกรรมวิจัย |
th_TH |
| dc.title |
โครงการ: ศึกษายีนที่เกี่ยวข้องกับการเจริญของกล้ามเนื้อในกุ้งตระกูล Penaeus |
th_TH |
| dc.title.alternative |
Characterization of muscle regulatory genes in Penaeus shrimp |
en |
| dc.type |
Research |
|
| dc.year |
2554 |
|
| dc.description.abstractalternative |
The study of genes involved in muscle growth reguration of Penaeus shrimp, seawater prawn, have been performed in abdominal muscle tissue of white shrimp Litopenaeus vannamei.The DNA sequencing result showed the interested cDNA lrngth of 378 nucleotide. The DNA sequences were analyzed the activity and function by Bioinformatics technique. The similarities of DNA sequences were searched with the BLAST program. The result showed that it was similar to gene named Profilin with deduced amino acid of 125 amino acids by Protein translation program. To analyze the sequence identity of DNA and protein of Profilin with CLUSTAL W program, we found that shrimp Profilin has high identity in both DNA and protein sequence with Profilin of Fenneropenaeus chinensis, Penaeus monodon, Glossina morsitans morsitans Triolium castaneum and Caligus rogercresseyi (85%, 83%, 21%, 42% and 14% and 78%, 75%, 41%, 38%, and 41% respectively). To study Post-translational modification of Profilin protein, we perform the Peptidemass searched. It showed 3 types of protein modification including Acetylation, ADP-ribosylation and Phosphorylation. The three-dimentional study og Profilin protein was predictioned QuickPhyre program. The 7 α-helixs, 3 β-pleated sheets and 11 coils position were shown on shrimp Profilin. The protein-protein interaction of was predicted by STRING program. The result indicate that Profilin may bind to Actin protein expected to involve inmuscle growth regulation. Profilin can also bind with Trs, Ras-relates, Elongation factor l beta, Cappuccino and Abl (Tyrosine-protein kinase). However, Profilin DNA and plasmid pGEX-4T-1 were cut by restriction enzyme BamHI and Xhol. We found the 378 bp of Profilin gene and 4,900 bp of pGEX-4T-1 vector. Both DNAs were purified and legated by Enzyme Ligase. The recombinant plasmid was transformed into E.coli BL21 competent cell. The screening of the recombinant clone shows no positive clone. |
en |