การค้นหาเครื่องหมายพันธุกรรมชนิด cDNA-AFPL ที่เกี่ยวข้องกับการเจริญเติบโตของกุ้งกุลาดำ Penaeus mondon ในบ่อดิน

Abstract

จากการค้นหาเครื่องหมายพันธุกรรมชนิด cDNA-AFLP ที่เกี่ยวข้องกับการเจริญเติบโตของกุ้งกุลาดำ Penaeus monodon ในบ่อดิน โดยศึกษาจากเนื้อเยื่อตับและตับอ่อน (hepatopancrease) ของกุ้งกุลาดำ 2 กลุ่ม ที่เลี้ยงในบ่อดิน (PM03 และ PM05) โดยเลือกตัวอย่างจากน้ำหนักตัวของกุ้งกุลาดำ 2 กลุ่มคือ น้ำหนักมากจำนวน 6 ตัว และน้ำหนักน้อย จำนวน 6 ตัว ของตัวอย่างกุ้งกุ้งกุลาดำ ทั้งหมด 342 และ 356 ตัวต่อกลุ่มตามลำดับ จากการตรวจสอบผลการทดลองจากการทำ cDNA-AFLP ด้วยไพรเมอร์ทั้งหมด 368 พบว่ามี 22 คู่ที่ให้ผลแถบของเครื่องหมาย cDNA-AFLP ที่มีความแตกต่างกันระหว่างกลุ่มตัวอย่าง ผลการเปรียบเทียบลำดับนิวคลีโอไทด์ของเครื่องหมาย cDNA-AFLP fragments จำนวน 8 เครื่องหมายกับฐานข้อมูลใน GenBank พบว่า ลำดับนิวคลีโอไทด์จากชิ้น cDNA-AFLP จำนวน 4 fragments คล้ายกับ Hypothetical protein ใน Pediculus humanus corporis ที่ค่า E-value เป็น 2e 20, Hypothetical protein CBG10789 of Caenorhabditis briggsae AF16 ที่ค่า E-value เป็น 5e -24, ยีน Hemolysin type calcium binding protein ใน Herbaspirillum seropedicae ที่ค่า E-value เป็น 4e -4, และคล้ายกับ Hemocyanin (Hemo gene) ใน Liopenaues. Vannamei ที่ค่า E-value เป็น 1e-28 ตามลำดับ ส่วน ลำดับนิวคลีโอไทด์จากชิ้น cDNA-AFLP อีก 4 fragments ที่ให้ผลไม่เหมือนกับฐานข้อมูลลำดับนิวคลีไทด์ใด ๆ ใน GenBank (unknown, E-value <10-4) โดยลำดับนิวคลีโอไทด์ที่ได้จะใช้สำหรับการออกแบบไพรเมอร์ เพื่อใช้ในการตรวจสอบรูปแบบการแสดงออกของเครื่องหมายด้วยวิธี quantitative real-time PCR และ SSCR-PCR และพัฒนาเป็นเครื่องหมายพันธุกรรมที่เกี่ยวข้องกับการเจริญเติบโตของกุ้งกุลาดำในบ่อดิน ในแผนงานวิจัยปีต่อไป